Né le 8 octobre 1954 à Mostaganem dans une famille de pêcheurs, Jean Fernandez quitte l’Algérie huit ans plus tard. Ses parents s’installent à Cers, un petit village de l’Hérault, puis l’inscrivent à l’AS Béziers où il gravit tous les échelons des catégories de jeune. Milieu de terrain doué, il est sélectionné en équipe de France junior puis intègre l’équipe première qui évolue en D3 puis en D2. Repéré par l’Olympique de Marseille, il rejoint la Canebière en 1975 et devient rapidement un titulaire indiscutable. L’été suivant, après avoir remporté la coupe de France, il participe aux Jeux Olympiques de Montréal avec l’équipe de France, où évoluent également Michel Platini et Olivier Rouyer.
Après cinq années sous les couleurs marseillaises, Jean Fernandez signe à Bordeaux. Pendant deux saisons, sous les ordres d’Aimé Jacquet, il prend conscience qu’il deviendra forcément entraîneur. C’est à l’AS Cannes qu’il passera du terrain au banc de touche. En 1984, après avoir défendu les couleurs de l’ASC pendant deux saisons, il succède à Arsène Wenger au poste de directeur du centre de formation. Un an plus tard, les dirigeants lui confient les commandes du club pro. Parier sur un jeune entraîneur est risqué, mais s’avère payant puisque le club cannois fête son accession en première division en 1988. Jean Fernandez fait ensuite débuter un jeune joueur qu’il a recruté quelques années plus tôt : Zinedine Zidane.
Après un court passage à Nice, il retourne à l’OM où il assistera Raymond Goethals, Tomislav Ivic et Franz Beckenbauer avant d’être propulsé à la tête de l’équipe en 1992. Bernard Tapie, qui faisait alors valser les entraîneurs à un rythme effréné, lui retirera les clés quatre mois plus tard. Jean Fernandez termine la saison comme superviseur et fait donc partie de l’encadrement phocéen lors du sacre de 1993 à Munich. Il ressent alors le besoin de prendre le large et signe à Al-Nasr Riyad avec qui il remporte le titre de champion d’Arabie Saoudite.
De retour en France pour des raisons familiales, il entraîne le LOSC pendant une saison puis retourne dans le Golfe où il gagne de nombreux titres dont la coupe des coupes d’Asie 1998. Après plusieurs expériences très enrichissantes en Arabie Saoudite puis en Tunisie, il reçoit une proposition de Sochaux et saisit cette opportunité pour prendre un nouveau départ. Jean Fernandez lance de nombreux jeunes (Pedretti, Pagis, Santos) et fait monter le club en L1.
Il récidive à Metz avec Adebayor, Niang et Ribéry, qu’il repère lors d’un match de National à Raon-l’Etape. Jean Fernandez se plaît en Lorraine, mais ne peut résister à l’appel de l’OM en 2005. Après une saison conclue par une finale de la coupe de France, il décide cependant de quitter le club pour des raisons extra-sportives et s’engage avec l’AJ Auxerre.
Dans un club très marqué par les années Guy Roux, il prend progressivement ses marques et atteint les sommets lors de la saison 2009/2010. Annoncé dans la course pour le maintien, l’AJA termine troisième et se qualifie pour le tour préliminaire de la Ligue des Champions. Jean Fernandez reçoit le trophée UNFP de meilleur entraîneur de L1. Il emmène ensuite son équipe jusqu’à la phase de groupe de la plus prestigieuse des compétitions et offre ainsi des affiches de rêve aux supporters bourguignons puisque le Real Madrid, le Milan AC et l’Ajax Amsterdam débarquent à l’Abbé-Deschamps. En fin de contrat en juin 2010 et courtisé par plusieurs clubs, il s’engage pour deux saisons avec l’ASNL.
| 1972/1975 | AS Béziers |
| 1975/1980 | Olympique Marseille |
| 1980/1982 | Girondins Bordeaux |
| 1982/1984 | AS Cannes |
| 1984/1985 | AS Cannes (centre formation) | |
| 1985/1990 | AS Cannes | |
| Juillet à décembre 1990 | OGC Nice | |
| Janvier 1991 à juillet 1992 | Olympique Marseille (adjoint) | |
| Juillet à novembre 1992 | Olympique Marseille | |
| Novembre 1992 à juin 1993 | Olympique Marseille (superviseur) | |
| 1993/1994 | Al-Nasr Riyad | Arabie Saoudite |
| 1994/1995 | LOSC Lille métropole | |
| Sept. 1995 à février 1996 | Al-Nasr Riyad | Arabie Saoudite |
| Février 1996 à juin 1997 | Al-Chabab Riyad | Arabie Saoudite |
| Juillet à décembre 1997 | Al-Wahda La Mecque | Arabie Saoudite |
| Janvier à juin 1998 | Al-Nasr Riyad | Arabie Saoudite |
| 1998/1999 | Etoile sportive du Sahel | Tunisie |
| Septembre 1999/2002 | FC Sochaux-Montbélliard | |
| 2002/2005 | FC Metz | |
| 2005/2006 | Olympique Marseille | |
| 2006/2010 | AJ Auxerre |
Médaille d'argent aux Jeux Méditerranéens de 1975 à Alger (équipe de France amateurs)
Vainqueur de la Coupe de France en 1976 avec l'Olympique de Marseille
Vainqueur de la Coupe des Alpes 1980 avec Bordeaux
Champion d'Arabie saoudite en 1994 avec l'Al Nasr Riyad
Champion du Golfe Persique en 1996 avec l'Al Shabab Riyad
Vainqueur de la Coupe d'Arabie saoudite en 1997 avec l'Al Shabab Riyad
Vainqueur de la Coupe d'Asie des vainqueurs de coupe en 1998 avec l'Al Nasr Riyad
Champion de France de Division 2 en 2001 le FC Sochaux
Trophée UNFP du meilleur entraîneur de Division 2 en 2001 avec le FC Sochaux
Trophée UNFP du meilleur entraîneur de Ligue 1 en 2010 avec l'AJ Auxerre