Après avoir débuté dans le petit club de Migennes dans l’Yonne, il signé à l’AJA en benjamins. Cinq ans plus tard, comme le club bourguignon ne lui propose pas d’intégrer l’équipe des seize ans nationaux, il part à Louhans-Cuiseaux puis signe à Nancy en 2002. Appelé en équipe nationale A de la République du Congo durant la saison 2006/2007, Chris Malonga découvre le haut niveau et signe finalement son premier contrat professionnel en juin 2007.

Arrivé sur la pointe des pieds dans le groupe professionnel, il va rapidement s’imposer grâce à son culot et à son audace. Dès ses premiers matchs en L1, il ose des gestes difficiles et les réussit. Chris Malonga marque des buts très importants comme face à Bordeaux lors de la soirée du quarantième anniversaire, à Toulouse ou face à Lyon. C’est incontestablement la très belle surprise de la saison et l’une des révélations du championnat de France.