Originaire du Val d’Oise, Johan Lapeyre évolue jusqu’à l’âge de 13 ans dans le club de sa ville de Montigny-lès-Cormeilles. Il prend ensuite la direction du Nord, passe deux années au centre de préformation de Liévain et garde les buts du LOSC. Il n’est pas conservé par le club lillois et rejoint les 15 ans nationaux St-Leu-la-forêt.

C’est là-bas qu’Eric Leroy, alors entraîneur des gardiens de l’ASNL, le repère. Il intègre donc le centre de formation en 2000. Après un parcours classique, il débute finalement dans le but des pros lors d’un match de coupe de l’UEFA en 2006 à Blackburn, profitant ainsi des forfaits de Bracigliano et Sorin.

Au début de l'année 2007, il signe son premier contrat pro d'une durée de trois ans et demi. Titulaire malheureux contre Lens en coupe de France, Nancy est éliminée aux tirs au but, Johan Lapeyre entre également en jeu à deux reprises en L1 pour pallier les blessures de Gennaro Bracigliano à Auxerre et de Damien Gregorini contre Sochaux.